出口收結匯聯網核查系統自2008年7月14日上線以來，一直運行平穩。截止2008年10月28日，國家外匯管理局授權中國電子口岸數據中心對系統進行了3次功能升級。系統升級後，解決了外匯局、銀行及企業提出的系統功能上的問題，進一步便利了銀行、企業的操作和查詢。現就升級內容說明如下：
一、增加了銀行核注情況的列印功能，銀行可根據內部管理的需要選擇是否列印；
二、對來料加工超比例核注功能進行了優化，取消了先比例內核注後超比例核注的順序限制，銀行根據企業提交的《出口收匯說明》進行核注；
三、對無關單收匯登記類型進行維護，增加了“境內交貨”及“其他”兩種類型，銀行應根據企業提交的《出口收匯說明》進行登記；
四、外匯局端、銀行端及企業端共計增加了14項查詢功能；
五、在保留企業持IC卡現場辦理核查業務的同時，增加了企業網上提交收匯申請辦理核查業務的功能，即企業網上逐筆授權某銀行核查某類貿易方式的確定金額。