出口收结汇联网核查系统自2008年7月14日上线以来，一直运行平稳。截止2008年10月28日，国家外汇管理局授权中国电子口岸数据中心对系统进行了3次功能升级。系统升级后，解决了外汇局、银行及企业提出的系统功能上的问题，进一步便利了银行、企业的操作和查询。现就升级内容说明如下：
一、增加了银行核注情况的打印功能，银行可根据内部管理的需要选择是否打印；
二、对来料加工超比例核注功能进行了优化，取消了先比例内核注后超比例核注的顺序限制，银行根据企业提交的《出口收汇说明》进行核注；
三、对无关单收汇登记类型进行维护，增加了“境内交货”及“其他”两种类型，银行应根据企业提交的《出口收汇说明》进行登记；
四、外汇局端、银行端及企业端共计增加了14项查询功能；
五、在保留企业持IC卡现场办理核查业务的同时，增加了企业网上提交收汇申请办理核查业务的功能，即企业网上逐笔授权某银行核查某类贸易方式的确定金额。