2014年，国家外汇管理局和国家质量监督检验检疫总局联合修订印发了《特殊机构代码赋码业务操作规程》，具体规定了特殊机构代码的申领程序。
    其一，对于属于军队、武警的境内机构、境外机构或驻华使领馆和国际组织驻华机构的，应当按以下流程办理特殊机构代码：
   （1）该机构应当向银行出具包含其准确、完整、规范名称的有效证明或其主管部门的批文或证明，银行应当审核该申领机构的名称，确保该机构名称与开户档案资料中的名称或预留印鉴一致，并永久留存该机构出具的有效证明或批文的复印件或电子扫描件。银行应填写《申领表》，并将加盖公章或业务章的纸质申领表连同申领机构有效证明文件提交所在地外汇局分局、支局。
   （2）外汇局分局/支局通过赋码系统向全国组织机构代码管理中心申领特殊机构代码并将赋码情况通知相应的银行。
    其二，对于组织机构代码证已经失效的境内机构、无组织机构代码证且不属于军队、武警的境内机构，除提供上述有效证明文件外，还应当按照以下业务操作流程办理特殊机构代码：
   （1）办理外汇业务的银行应填写“特殊机构代码申领协办单”中的“银行填写”栏，并要求该机构自行填写“机构填写”栏后，前往当地质量技术监督部门的代码工作机构办理代码证。
   （2）如果经当地质量技术监督部门的代码工作机构核实，该机构属于其赋码范围，则该机构应按规定申领组织机构代码；如果不属于其赋码范围，则当地质量技术监督部门的代码工作机构应填写协办单中的“代码管理中心意见”栏，并通知该机构凭该协办单前往所在地外汇局分局/支局办理特殊机构代码。
   （3）外汇局分局／支局收到协办单后，通过赋码系统向全国组织机构代码管理中心申领特殊机构代码，并将特殊机构代码的赋码情况通知相应的银行。
    法规依据：
   《国家外汇管理局  国家质量监督检验检疫总局关于修订印发<特殊机构代码赋码业务操作规程>的通知》（汇发［2014］16号）